The Australian PreGen Study: Results From Prospective Prenatal Exome Sequencing in 275 Pregnancies.

Séquençage d'exome prénatal en trio après puce chromosomique non informative, avec analyse du rendement diagnostique, des variants de signification incertaine, des découvertes fortuites et de l'impact sur la prise en charge de la grossesse

Le séquençage d'exome prénatal (pES) est de plus en plus intégré à la prise en charge pour rechercher l'étiologie des anomalies structurelles fœtales (FSA). Les auteurs évaluent les résultats du pES en trio dans la cohorte nationale multicentrique, recrutée de façon prospective et financée par le gouvernement australien, en analysant le rendement diagnostique, la fréquence des variants de signification incertaine (VUS), les découvertes fortuites et l'impact sur la prise en charge de la grossesse : 275 familles consentantes ont été incluses selon des critères prédéfinis d'anomalie structurelle fœtale et une puce chromosomique non informative, et le séquençage a été réalisé dans l'un de trois laboratoires nationaux de référence accrédités. Le rendement diagnostique en variants pathogènes ou probablement pathogènes est de 31,6 % (87/275 ; IC 95 % 26,4 à 37,4 %), les VUS et les découvertes fortuites survenant respectivement dans 4,4 % (12/275) et 1,5 % (4/275) des cas. L'interruption de grossesse est plus fréquente dans les familles diagnostiquées, tandis que les naissances vivantes dominent dans la cohorte non informative, et les auteurs concluent que le pES est un test diagnostique de base pour l'évaluation anténatale des FSA, en soulignant l'importance d'une ontologie phénotypique, d'une classification par système d'organes et de critères d'éligibilité cohérents.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un rendement de 31,6 % avec seulement 4,4 % de variants de signification incertaine et 1,5 % de découvertes fortuites est un profil favorable, et l'obtenir dans une cohorte nationale prospective en trio lui donne un poids que n'ont pas les séries rétrospectives. Le point le plus sensible pour le conseil est l'écart d'issues : l'interruption de grossesse est plus fréquente après un diagnostic génomique, ce qui impose de préparer ce résultat dès la consultation prétest, sans que l'on puisse séparer l'effet du diagnostic de celui de la gravité de l'anomalie sous-jacente. Ce rendement vaut pour des familles sélectionnées par des critères prédéfinis et une puce chromosomique non informative, et les auteurs soulignent eux-mêmes que l'harmonisation des critères d'éligibilité et de la classification phénotypique conditionne la comparabilité entre études.

Analyse par Dr Thibaut Benquey