In vitro pathogenicity evaluation of deep intronic variants for recessive genetic retinal diseases

Variants introniques profonds activant des exons cryptiques et altérant l'épissage de l'ARNm, mesurés par un test d'épissage à haut débit sur minigène (HTSA) dans des cellules HEK293

Les variants non codants qui altèrent l'épissage de l'ARNm sont de plus en plus reconnus comme cause de maladies mendéliennes ; les variants introniques profonds (DIV) qui activent des exons cryptiques (CE) seraient à l'origine d'environ 20 % des cas de rétinopathies héréditaires (IRD), mais leur pathogénicité reste difficile à prédire avec précision. Les auteurs ont donc mesuré l'effet de 640 DIV très rares, choisis en position trans d'une mutation connue chez des patients atteints d'IRD récessives, avec un test d'épissage à haut débit (HTSA) fondé sur un minigène GFP fragmenté dans lequel sont clonées les séquences de 270 pb flanquant chaque variant ; la bibliothèque de plasmides est transfectée dans des cellules HEK293, puis les transcrits sont amplifiés par RT-PCR, séquencés et quantifiés. Le test montre que 98 variants activent un exon cryptique plus de 100 fois davantage que l'allèle de référence et sont classés pathogènes dans ce cadre expérimental, après validation en contexte plus long, tandis que 26 sont classés de signification incertaine ; seuls 6 variants sur 90 (6,6 %) étaient prédits pathogènes par les algorithmes in silico (SpliceAI), et le diagnostic est confirmé chez 50 patients sur 78 (64 %). Au total, 19,4 % des variants introniques profonds testés activent un exon cryptique, ce que les auteurs interprètent comme le signe qu'une part importante des patients atteints d'IRD récessives non diagnostiquées porte une mutation intronique pathogène.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le contraste entre 98 variants fonctionnellement pathogènes et seulement 6 variants sur 90 prédits par SpliceAI est le résultat à retenir : pour les variants introniques profonds, un score prédictif ne peut pas se substituer à un test d'épissage. Le rendement de 50 patients sur 78 est toutefois obtenu dans un système artificiel — minigène dans des cellules HEK293, séquences flanquantes de 270 pb — et les auteurs parlent eux-mêmes d'une classification pathogène dans ce cadre expérimental ; une confirmation sur ARN de patient reste souhaitable avant de traduire ce résultat en classification clinique. S'agissant de variants très rares sélectionnés en trans d'une mutation connue, le taux de 19,4 % ne se transpose pas à l'ensemble des variants introniques, et il s'agit d'un préprint non encore évalué par les pairs.

Analyse par Dr Thibaut Benquey