Reanalysis of genomic data doubles the diagnostic yield for Welsh patients recruited to the UK 100,000 Genomes Project.

Le centre de médecine génomique du Pays de Galles a recruté 438 personnes de 154 familles, sans diagnostic malgré des tests pré-génomiques, dans le 100 000 Genomes Project ; 64 % des probands ont un phénotype neurologique ou neurodéveloppemental. Le rendement diagnostique initial est de 20,8 % (32/154), avec des variants de signification incertaine rapportés dans 11 familles supplémentaires, et 83,7 % (36/43) des résultats initiaux auraient pu être détectés par l'exome clinique, standard de soins local à l'époque. La réanalyse, avec des outils de priorisation actualisés, des listes de gènes élargies, un nouveau phénotypage et des études de ségrégation, porte le rendement à 42,2 % (65/154), soit une amélioration de 103 %. L'analyse de l'ARN a permis de préciser la signification clinique de variants de signification incertaine dans COQ4, ENPP1, GATAD2B, NCAPD2 et THOC2.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Doubler le rendement par réanalyse, sans nouveau séquençage, est l'argument le plus concret en faveur d'une réanalyse périodique planifiée plutôt qu'à la demande. Le fait que plus de 80 % des résultats initiaux étaient accessibles à l'exome nuance l'apport propre du génome dans cette cohorte. L'ARN pour trancher les variants de signification incertaine mérite d'entrer dans le circuit de réanalyse.

Analyse par Dr Thibaut Benquey