Overcoming a diagnostic blindspot: Identifying balanced translocations in Mendelian rare disease cohorts

Les appelants de variants de structure représentent les translocations équilibrées comme des paires de breakends, dont la majorité sont des faux positifs, ce qui a empêché leur détection en routine. Les auteurs développent un pipeline très spécifique, appliqué à des génomes short-read de 16 131 personnes réparties en cinq cohortes (dont 1000 Genomes, malformations congénitales, GREGoR, UDN et nouveau-nés en génome rapide). Des translocations équilibrées sont identifiées chez 0,196 % des probands avec malformations (2/1 017), 0,25 % des probands GREGoR (9/3 574), 0,39 % des probands UDN (8/2 027) et 0,24 % des nouveau-nés (1/409), et les six translocations de la cohorte malformations sont confirmées par Sanger. Environ 31 % des translocations des trois cohortes de patients interrompent un gène de maladie connu, établissant ou précisant un diagnostic dans cinq cas auparavant non résolus.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La spécificité est démontrée par la confirmation Sanger des six translocations de la cohorte malformations, mais l'abstract ne rapporte pas de sensibilité, ce qui limite la portée du gain de rendement : cinq diagnostics sur des milliers de génomes. Preprint non évalué par les pairs. L'intérêt est de montrer qu'une catégorie de variants de structure peut être récupérée dans les génomes déjà produits, sans long-read.

Analyse par Dr Thibaut Benquey