RNA sequencing significantly improves HYDIN diagnosis and defines the effects of common deletions in primary ciliary dyskinesia.

HYDIN

Variants bialléliques de HYDIN, dont une délétion récurrente de 10 kb (intron 17 à intron 18) entraînant un épissage aberrant complexe ; pseudogène HYDIN2 homologue à 98 %

Le diagnostic de dyskinésie ciliaire primitive (DCP) liée à HYDIN est compliqué par un pseudogène homologue à 98 % (HYDIN2) et par l'absence d'anomalie ultrastructurale visible en microscopie électronique. Les auteurs ont réalisé un RNA-seq sur épithélium nasal cultivé 21 jours en interface air-liquide chez 13 patients à forte suspicion clinique, microscopie électronique normale et génétique non concluante, dont 11 porteurs d'un seul variant pathogène ou probablement pathogène de HYDIN. Le RNA-seq a résolu 11 cas sur 13 (85 %). Le même événement d'épissage aberrant complexe, retrouvé chez sept patients non apparentés, est causé par une délétion de 10 kb allant de l'intron 17 à l'intron 18, que les auteurs intègrent désormais à leurs tests génomiques de routine pour la DCP.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Exemple très concret de l'apport du transcriptome lorsqu'un seul variant est trouvé dans un gène récessif : 11 cas sur 13 résolus, dans un gène où le pseudogène complique l'alignement short-read. La délétion récurrente intron 17–intron 18 mérite d'être recherchée activement dans les exomes et génomes de DCP avec un seul variant de HYDIN, avant même le recours à l'ARN. Limite : la culture en interface air-liquide pendant 21 jours reste une technique de centre expert.

Analyse par Dr Thibaut Benquey