Extended Non-Invasive Prenatal Testing for Chromosomal and Monogenic Disorders by Cell-Free DNA Sequencing: A Blinded Comparison With Amniocentesis.

Exome clinique sur ADN fœtal libre circulant en trio parents-fœtus, associé à un séquençage du génome à basse couverture pour les aneuploïdies et les CNV

Cette étude d'exactitude diagnostique prospective, en aveugle et monocentrique compare, chez 641 grossesses consécutives adressées pour amniocentèse à 16-18 semaines, une analyse intégrée de l'ADN fœtal libre circulant (iNIFS) au résultat de l'amniocentèse appariée. L'ADN libre plasmatique est analysé par séquençage du génome à basse couverture pour les aneuploïdies et les CNV puis, après enrichissement en fragments courts, par exome clinique en trio parents-fœtus ; la référence associe QF-PCR, caryotype, CGH-array et, si indiqué, exome en trio sur liquide amniotique. Le test est rendu pour 624 grossesses sur 641 (97,3 %), 612 forment la population d'analyse, et la référence retrouve une anomalie pathogène ou probablement pathogène chez 107 d'entre elles (17,5 %). La sensibilité est de 99,1 % (IC 95 % 94,9-99,8), la spécificité de 99,6 %, la VPP de 98,1 % et la VPN de 99,8 % ; le seul faux négatif était un variant hérité de la mère, situation où la part fœtale est la plus difficile à distinguer.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Résultat impressionnant pour un dépistage non invasif élargi aux maladies monogéniques, mais obtenu dans une population à haut risque (17,5 % d'anomalies) et dans un seul centre : les valeurs prédictives ne se transposeront pas telles quelles à une population à bas risque. Le faux négatif sur variant d'origine maternelle illustre la limite structurelle de l'approche, et les auteurs maintiennent la nécessité d'une confirmation invasive des résultats positifs et d'une validation multicentrique. À ce stade, c'est un complément du prélèvement invasif, pas son remplaçant.

Analyse par Dr Thibaut Benquey