Characterization of de novo structural variants in trios with orofacial clefts

Variants de structure de novo (délétions, duplications) touchant des régions de troubles génomiques récurrents (22q11.2), des gènes de fentes autosomiques dominantes (SATB2) ou des éléments régulateurs

Ce preprint caractérise les variants de structure de novo (dnSV) chez 1549 cas index atteints de fente orofaciale, analysés en trio. Au total, 375 dnSV sont détectés chez 307 cas index (0,242 dnSV par génome), avec un taux plus élevé, sans différence significative, dans les fentes labiales isolées (0,29) que dans les fentes labio-palatines (0,25) et palatines isolées (0,20) ; le taux de duplications est en revanche significativement plus élevé dans les fentes labiales (0,121) et labio-palatines (0,096) que dans les fentes palatines (0,028). Vingt-deux dnSV touchent des régions de troubles génomiques récurrents, dont sept délétions et une duplication 22q11.2, huit des douze dnSV de plus de 1 Mb sont classés probablement pathogènes, et quatre dnSV touchent SATB2, tous chez des enfants avec fente palatine isolée. L'intégration des dnSV et des SNV de novo avec des cartes Hi-C et des états chromatiniens de tissus craniofaciaux en développement désigne de nouveaux gènes candidats (FHAD1, NBEA, NR3C2, SPHKAP), et les dnSV probablement pathogènes fournissent un diagnostic moléculaire putatif chez environ 1,67 % de la cohorte.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Rendement modeste (1,67 %, plus 0,96 % de variants de signification incertaine plausibles), mais accessible seulement si les variants de structure sont réellement appelés et interprétés sur le génome des trios. Les quatre dnSV de SATB2, tous associés à une fente palatine isolée, en font une cible à vérifier systématiquement dans cette indication. Les gènes candidats reposent sur des arguments de récurrence et de chromatine sans validation fonctionnelle, et il s'agit d'un preprint.

Analyse par Dr Thibaut Benquey