The SINEs were there: identification of a pathogenic Alu insertion in a patient with DICER1-related tumour predisposition

Insertion Alu pathogène dans le domaine RNase IIIa de *DICER1*, identifiée par séquençage long-read

Ce cas rapporte une jeune fille de 14 ans présentant de multiples tumeurs évocatrices d'une prédisposition liée à DICER1, mais sans variant germinal détectable par séquençage nouvelle génération ni génome court-read (seuls des variants DICER1 somatiques hotspot étaient retrouvés). La révision rétrospective des alignements a révélé un variant structural constant dans tous les échantillons, suggérant une insertion d'élément Alu dans le domaine RNase IIIa de DICER1. Le séquençage long-read nanopore a confirmé une insertion AluY pathogène prédite perturber la fonction de DICER1. Ce cas illustre la valeur du long-read pour démasquer des variants complexes manqués par les approches conventionnelles.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Belle illustration clinique de l'apport du long-read pour résoudre un cas « cliniquement évident mais génétiquement négatif » — situation frustrante et fréquente en oncogénétique pédiatrique. Les insertions d'éléments mobiles (Alu) sont systématiquement manquées par le court-read et méritent d'être évoquées devant un phénotype franc sans variant. Au-delà du panel ciblé, c'est l'intérêt d'un génome long-read bien interprété qui est ici démontré, pour la confirmation diagnostique et le test en cascade familial.