Rapid minigene workflow for functional reclassification of splicing variants in hereditary cancer diagnostics.

Évaluation fonctionnelle par minigène des variants suspectés d'altérer l'épissage du pré-ARNm, à partir d'ADN de synthèse et de clonage par recombinaison, sans recours à l'ARN du patient.

Le séquençage haut débit des gènes de prédisposition au cancer est de routine, mais une fraction substantielle des variants détectés reste cliniquement non résolue. Avec un panel personnalisé de 77 gènes, les auteurs ont analysé 2 142 individus et identifié 384 variants pathogènes ou probablement pathogènes dans 54 gènes, soit un rendement diagnostique d'environ 18 % ; 17 % des cas portaient un variant de signification incertaine, dont beaucoup suspects d'altérer l'épissage et difficiles à interpréter faute de prédictions in silico fiables et de preuve expérimentale. Ils ont développé un flux de travail minigène simplifié pour l'évaluation fonctionnelle rapide de ces variants, fondé sur de l'ADN de synthèse et un clonage par recombinaison, ce qui supprime le besoin d'ARN du patient et permet de générer les constructions dans un délai compatible avec l'activité clinique. Une priorisation informatique par AlphaGenome a été intégrée à la sélection des variants, les essais fournissant la preuve directe des conséquences sur l'épissage. L'application rétrospective de cette stratégie a permis de reclasser des variants jusque-là non résolus et de clarifier des cas où les prédictions informatiques étaient discordantes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'atout du dispositif n'est pas la technique — le minigène est ancien — mais son affranchissement de l'ARN du patient : plus besoin de reconvoquer, ni de composer avec un transcrit dégradé. L'usage d'AlphaGenome en amont pour prioriser les variants à tester est la vraie nouveauté opérationnelle, et c'est aussi le point le plus fragile faute de chiffres de sensibilité. Sans le nombre de variants testés ni le taux de reclassification obtenu, on reste sur une preuve de faisabilité convaincante plutôt que sur une performance mesurée.

Analyse par Dr Thibaut Benquey