Diagnostic yield of cancer predisposition in a nationwide prospective childhood acute leukemia cohort.

Variants pathogènes germinaux (dont TP53, CEBPA, DNMT3A, MSH6, PALB2, SDHA) détectés par un panel de 189 gènes appliqué au WGS, complété par un trio-WGS dans les familles à forte suspicion

L'utilité du séquençage du génome entier (WGS) pour détecter une prédisposition aux leucémies de l'enfant restait incertaine. Cette étude nationale, prospective et en population, a inclus 181 enfants atteints de leucémie aiguë et appliqué une stratégie en trois volets : phénotypage systématique, analyse germinale d'un panel de 189 gènes issu du WGS et séquençage tumoral des cas positifs ; un trio-WGS a été réalisé dans 11 familles à forte suspicion. Neuf patients avaient une anomalie germinale pathogène : six (3,3 %) un syndrome de prédisposition aux leucémies (TP53, CEBPA, DNMT3A, trisomie 21) et trois (1,6 %) un syndrome de prédisposition aux tumeurs solides (MSH6, PALB2, SDHA). Le trio-WGS a identifié un variant de DNMT3A de novo probablement pathogène, six diagnostics sur neuf étaient jusque-là méconnus, et les résultats ont conduit à une surveillance adaptée chez 8 patients sur 9 et à une modification du traitement chez 4 sur 9.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le rendement est modeste (9 diagnostics sur 181, soit environ 5 %), mais il est actionnable : surveillance adaptée chez 8 porteurs sur 9 et traitement modifié chez 4. Avec seulement neuf porteurs, ces pourcentages reposent sur de très petits effectifs, et le trio-WGS n'a concerné que 11 familles : l'étude ne permet pas de dire ce que le génome entier apporte de plus que le panel qui en est extrait. Les auteurs laissent eux-mêmes ouvert l'arbitrage entre gènes de la leucémie et panel élargi, selon les moyens locaux et la capacité de conseil génétique.

Analyse par Dr Thibaut Benquey