Pharmacogenetic variants in the molecular characterization initiative: a report from the children's oncology group.

Les variants germinaux de 13 pharmacogènes déterminent des diplotypes, composés de star alleles, auxquels correspondent des phénotypes de métabolisation actionnables imposant une adaptation thérapeutique ; les allèles HLA ont été inférés séparément.

Les auteurs ont analysé les données de séquençage d'exome germinal de 3 177 patients inclus dans la Molecular Characterization Initiative du Children's Oncology Group, dont 69 % avaient une tumeur du système nerveux central. Les diplotypes pharmacogénétiques de 13 gènes retenus comme cliniquement actionnables selon les recommandations du CPIC ont été extraits avec PharmCAT, les allèles HLA inférés par la méthode T1K et l'ascendance génétique estimée par iAdmix à partir du panel 1000 Genomes. La population était diverse : 51 % d'ascendance européenne, 21 % américaine admixte et 9 % africaine. Quatre-vingt-treize pour cent des patients (n = 2 940) présentaient au moins un phénotype pharmacogénétique actionnable imposant une modification d'un ou plusieurs médicaments, sans différence significative entre populations d'ascendance (p = 0,07). Les fréquences alléliques observées étaient très proches de celles de gnomAD et de All of Us (R2 > 0,99).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le chiffre de 93 % dit surtout que presque tout patient porte un phénotype actionnable dès qu'on interroge 13 pharmacogènes : il ne dit pas combien d'enfants recevaient effectivement le médicament concerné, ni combien de prescriptions auraient changé. La concordance avec gnomAD et All of Us confirme qu'il n'y a rien de particulier à cette population et renforce plutôt l'argument logistique — l'exome germinal est déjà séquencé, l'enjeu est l'annotation pharmacogénétique et sa restitution au prescripteur, pas un test supplémentaire. Reste à démontrer, par un suivi des prescriptions et des toxicités, que cette restitution modifie les décisions et les évènements indésirables.

Analyse par Dr Thibaut Benquey