A trio-based long-read sequencing workflow identifies a pathogenic transposable element insertion in a previously undiagnosed patient

Workflow trio long-read WGS (Nanopore/PacBio) pour la détection et priorisation des SV pathogènes — identification d'une insertion AluY dans *GPC3* manquée par le WES short-read

Un workflow trio long-read WGS est développé pour la détection et priorisation des variants structuraux pathogènes dans les maladies génétiques non diagnostiquées. Appliqué à 12 trios familiaux de la base IRUD (Initiative on Rare and Undiagnosed Diseases), le workflow identifie une insertion du transposon AluY dans GPC3 chez un patient préalablement non diagnostiqué par WES short-read. Le workflow intègre plusieurs callers SV, un phasage par trio et un filtrage par fréquence populationnelle pour prioriser les variants candidats pathogènes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Les éléments transposables (insertions Alu, LINE-1) sont une cause sous-estimée de maladies génétiques rares, invisible aux approches short-read. Ce workflow trio long-read, appliqué à un cas réel de diagnostic, illustre concrètement l'apport incrémental du long-read sur le WES et WGS short-read pour les maladies non diagnostiquées.