Optimized Cas9-Enriched Nanopore Sequencing and Analysis Workflow for Clinical Diagnosis of Repeat Expansion Disorders.

Séquençage nanopore ciblé sans amplification par enrichissement Cas9 sur 56 loci de répétitions courtes, avec un algorithme dédié identifiant les motifs internes, les structures de répétitions de novo et la méthylation CpG.

Les expansions de répétitions courtes échappent souvent à l'amplification par PCR et au séquençage short-read, qui ne détectent ni les expansions larges ou complexes ni l'information de méthylation. Les auteurs ont adapté une plateforme nanopore ciblée par Cas9 sans amplification pour obtenir une couverture uniforme des 56 loci actuellement définis en un seul test à partir d'ADN génomique de cellules sanguines, et développé un algorithme dédié, STRiker, capable d'identifier les contextes de motifs internes et les structures de répétitions de novo. Chez 37 patients atteints d'ataxie cérébelleuse restés génétiquement non diagnostiqués malgré des explorations extensives, une expansion pathogène a été identifiée chez 12 (32,4 %) : FGF14 (n = 4), ATXN8OS, NOP56 et RFC1 (n = 2 chacun), PRNP et NOTCH2NLC (n = 1 chacun). Le dépistage familial en cascade a mis en évidence six apparentés porteurs d'une expansion dans cinq familles, et les résultats suggèrent que la méthylation CpG peut atténuer les effets pathogènes des expansions.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un tiers de diagnostics chez des patients déjà largement explorés est le type de chiffre qui justifie de placer le long-read ciblé en amont du parcours dans les ataxies, et non en dernier recours après épuisement des tests conventionnels. Le point le plus instructif est la diversité des structures répétées de FGF14 : un test qui ne mesure que la taille de l'expansion perd une partie de l'information, et c'est précisément là que l'algorithme apporte quelque chose. Réserve d'usage : cohorte petite et sélectionnée, sans comparaison prospective à la stratégie standard ni chiffres de spécificité.

Analyse par Dr Thibaut Benquey