Long-read transcriptome analysis using IsoRanker for identifying pathogenic variants in Mendelian conditions.

Priorisation de variants par transcriptomique long-read : expression aberrante de gènes et d'isoformes, déséquilibre allélique et dégradation des ARNm non-sens révélée par traitement au cycloheximide.

IsoRanker est un cadre de priorisation des variants fondé sur le séquençage long-read du transcriptome, qui repère les gènes et les isoformes présentant une expression aberrante, un déséquilibre allélique et/ou une dégradation des ARNm non-sens. Les auteurs ont produit des transcriptomes de fibroblastes appariés, traités ou non par cycloheximide, chez 31 individus — 3 porteurs de variants rares connus altérant le transcrit et 28 avec une maladie non résolue — reliés à des génomes long-read phasés. IsoRanker a retrouvé les altérations connues de la cohorte, et des analyses exploratoires de sous-échantillonnage suggèrent que la priorisation reste largement préservée jusqu'à des cohortes de 11 individus et environ 5 millions de transcrits pleine longueur par individu, la performance dépendant du choix du caller d'isoformes de novo, en particulier pour les isoformes sensibles à la dégradation des ARNm non-sens. Parmi les 28 cas non résolus, IsoRanker a dépriorisé 8 des 10 variants candidats de site d'épissage exprimés en fibroblastes tout en désignant 4 nouvelles pistes ; chez un individu, la priorisation de HARS1 a révélé des variants non codants bialléliques produisant conjointement une perte de fonction partielle de HARS1 et a orienté un traitement ciblé.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La capacité à déprioriser 8 candidats d'épissage sur 10 vaut autant que les nouvelles pistes : en consultation, ce sont ces variants de signification incertaine qui encombrent les dossiers et inquiètent durablement les familles. La sensibilité au choix du caller d'isoformes est le vrai frein à une mise en routine — deux laboratoires avec deux callers différents n'obtiendront pas la même liste de candidats, ce qui rend l'harmonisation préalable indispensable. Rappelons aussi la limite du tissu : le fibroblaste ne renseigne que sur les gènes qu'il exprime, ce qui exclut d'emblée une large part des pathologies neurologiques et musculaires.

Analyse par Dr Thibaut Benquey