From targeted SCN1A analysis to whole exome sequencing: clinical utility and novel genetic findings in a Hungarian paediatric epilepsy cohort.

Élargissement progressif de l'exploration génomique, du séquençage ciblé de SCN1A aux panels puis au séquençage d'exome entier, avec MLPA pour les variations de nombre de copies de SCN1A.

431 individus présentant des phénotypes hétérogènes d'épilepsie à début pédiatrique ont été explorés entre 2018 et 2024 au département de génétique médicale de l'université de Pécs, par séquençage Sanger, panels ciblés d'épilepsie, séquençage d'exome entier et MLPA pour l'analyse du nombre de copies de SCN1A. Trente-six variants pathogènes ou probablement pathogènes de SCN1A ont été identifiés, dont 15 non rapportés auparavant. Neuf variants nouveaux ont par ailleurs été détectés dans 12 autres gènes associés aux épilepsies, et l'analyse d'exome a révélé 6 variants nouveaux dans 19 gènes. Le rendement diagnostique était proportionnel à l'étendue de l'interrogation génomique, ce qui souligne l'hétérogénéité génétique de ces épilepsies et l'utilité clinique des panels comme de l'exome, en particulier dans les phénotypes complexes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Le résultat est attendu mais utile à documenter sur une série continue de six ans : plus l'interrogation est large, plus le rendement monte, ce qui plaide en 2026 pour entrer directement par l'exome plutôt que d'empiler des tests ciblés successifs sur des années. Regret méthodologique majeur : les rendements comparés par stratégie ne sont pas chiffrés, ce qui prive le lecteur de l'argument dont il aurait précisément besoin pour réorganiser un parcours diagnostique. Le maintien de la MLPA pour les variations de nombre de copies de SCN1A reste un rappel utile — beaucoup de pipelines d'exome les manquent encore.

Analyse par Dr Thibaut Benquey