Accurate repeat expansion genotyping from whole-genome and real-time targeted nanopore sequencing with Mahi-mahi

Génotypage des répétitions en tandem sur lectures nanopore : longueur par allèle, composition du motif, interruptions et signalement des artefacts de basecalling

Mahi-mahi est un génotypeur de répétitions en tandem conçu pour les lectures nanopore, qui rapporte la longueur de répétition par allèle, la composition du motif, les interruptions et des signalements par lecture pour les artefacts systématiques de basecalling. Sur six échantillons Genome in a Bottle, les données de génome entier et d'adaptive sampling concordent à une unité de répétition près pour 829 des 832 allèles, et 95,6 % des allèles comparés concordent avec des données HiFi orthogonales. Sur 245 échantillons du projet 1000 Génomes, 98,6 % de 10 927 allèles à 57 loci concordent avec les appels dérivés des assemblages, et l'outil distingue par le motif les allèles RFC1 pathogènes des non pathogènes de taille chevauchante. Sur 14 lignées de référence Coriell, l'expansion attendue est retrouvée à chaque fois, avec une concordance à deux unités près avec les tests orthogonaux pour HTT, ATXN1, DMPK et PABPN1. Sur 103 échantillons de trois laboratoires, une expansion est détectée dans tous les échantillons porteurs d'une expansion pathogène rapportée, avec la même catégorie que le laboratoire d'origine pour 98 % de 180 génotypes.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint non relu par les pairs. Le point fort est la validation sur 103 échantillons cliniques issus de trois laboratoires : c'est le type de données qui permet d'envisager le long-read comme test unique des expansions, comme le proposent les auteurs. La distinction des allèles RFC1 par le motif plutôt que par la taille est directement utile en neurologie, mais l'abstract ne compare pas Mahi-mahi aux autres génotypeurs nanopore et ne précise pas la disponibilité du code.

Analyse par Dr Thibaut Benquey