CyriPanel for CYP2D6 Genotyping from Targeted Capture Panels Using Assay-Matched Diploid References

CYP2D6

Cadre sensible aux paralogues (Cyrius, BCyrius) adapté avec des références diploïdes appariées au test et un intervalle espaceur en aval de CYP2D7 pour l'inférence structurale

CyriPanel adapte le cadre sensible aux paralogues de Cyrius et BCyrius au génotypage de CYP2D6 sur panel de capture ciblé, où la couverture propre à chaque test perturbe l'estimation du nombre de copies et où l'homologie avec CYP2D7 masque les structures hybrides. L'outil s'appuie sur des références diploïdes appariées au test et sur un intervalle espaceur en aval de CYP2D7. Évalué sur 116 lignées cellulaires du Human Pangenome Reference Consortium séquencées avec un panel personnalisé, avec pour référence les diplotypes issus des assemblages, il atteint avec cinq références une concordance moyenne de 94,7 % (BWA-MEM) et 94,5 % (DRAGEN), contre 88,7 % et 92,2 % pour Aldy 4. Sur 28 échantillons hybrides, la concordance est de 88,8 % et 88,6 %, contre 67,7 % et 71,6 % pour Aldy 4, l'écart portant surtout sur les haplotypes à trois copies ou plus. Le logiciel, les données d'évaluation et les lectures brutes sont publics.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint non relu par les pairs. La comparaison avec Aldy 4 est favorable mais asymétrique : CyriPanel est compté juste dès qu'un de ses candidats correspond, et l'exigence d'un candidat unique ramène sa concordance à 91,3 % et 91,1 %, les auteurs qualifiant eux-mêmes la comparaison de descriptive. Pour un laboratoire de PGx sur panel, l'outil est ouvert et testable, mais la validité clinique n'est pas évaluée et le résultat ne vaut que pour le design de capture étudié.

Analyse par Dr Thibaut Benquey