EpiSignaLR: an open resource for genome-wide episignature analysis from methylation-aware short- and long-read sequencing

Régions différentiellement méthylées identifiées sur données Oxford Nanopore, classifieurs construits en validation croisée emboîtée

Les épisignatures, profils de méthylation de l'ADN propres à plus de 100 maladies mendéliennes, reposent aujourd'hui surtout sur des puces de méthylation, limitées à leurs sondes. Les auteurs ont séquencé en Oxford Nanopore, PacBio HiFi ou Illumina 5-base des personnes atteintes d'un TND lié à SETD1B, d'un syndrome de Kabuki ou d'un syndrome de Kleefstra, ainsi que des témoins. Ils identifient directement sur les données ONT 143, 20 et 23 régions différentiellement méthylées pour ces trois signatures, dont 15 à 26 % ne contiennent aucune sonde de puce. Les classifieurs en validation croisée classent tous les cas au-dessus de tous les témoins ; les classifieurs finaux reconnaissent tous les cas mis de côté sauf un, porteur d'un faux-sens de KMT2D et classé indéterminé, et celui de SETD1B classe correctement 7 cas sur 7 dans deux centres extérieurs. EpiSignaLR est un pipeline ouvert qui combine ces trois classifieurs ONT et 34 signatures publiées issues de puces.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Preprint non relu par les pairs. Intégrer l'épisignature au long-read, c'est obtenir dans un même test les variants et un argument fonctionnel pour reclasser un variant de signification incertaine, sans puce de méthylation séparée. Les auteurs reconnaissent la limite : cohortes trop petites par maladie et un témoin PacBio qui se rapproche des cas Kabuki, signe de différences de méthylation propres à la plateforme à corriger avant tout usage diagnostique hors ONT.

Analyse par Dr Thibaut Benquey