The revised diploid genome sequence of an individual human: A workflow for near telomere-to-telomere assemblies using only Oxford Nanopore Technologies Simplex-reads.

Assemblage hifiasm à partir de lectures Oxford Nanopore Simplex seules, sans lectures ultra-longues ni ligation de proximité

Les auteurs présentent HuRef2.0, révision du premier assemblage diploïde d'un génome individuel (HuRef, 2007), obtenue uniquement à partir de lectures Oxford Nanopore Simplex avec l'assembleur hifiasm, sans lectures ultra-longues ni ligation de proximité. Trois flowcells (environ 103× de couverture) d'ADN de sang frais produisent 26 contigs, dont 23 chromosomes assemblés sans lacune ; deux lacunes du chromosome Y comblées par assemblage local donnent un assemblage télomère à télomère d'exactitude supérieure à Q60, avec 2 393 blocs de phase et un NG50 de 2,36 Mb. Une seule flowcell (environ 35×) donne de façon reproductible un assemblage plus contigu que GRCh38.p14. La qualité est évaluée par alignement chromosomique sur une référence, appel de variants et annotation de régions difficiles : 22q11, CMH étendu, clusters d'ADN ribosomique, région subtélomérique 4q35, chromosome Y et centromères. À couverture équivalente, les lectures PacBio HiFi, plus exactes mais plus courtes, donnent des assemblages moins contigus que les lectures ONT corrigées.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La démonstration porte sur un seul individu, mais elle montre qu'un assemblage quasi complet est accessible à partir d'un ADN sanguin standard et d'une seule technologie, ce qui rapproche l'assemblage de novo de la pratique d'un laboratoire. Les régions évaluées, 22q11 et 4q35 en tête, sont précisément celles où le short-read est mis en défaut en diagnostic ; l'abstract ne mesure toutefois aucun apport clinique.

Analyse par Dr Thibaut Benquey