Multi-genome benchmark for simple and complex genome inversion detection

Jeu de référence d'inversions simples et complexes dérivé de Strand-seq et d'assemblages long-read phasés sur cinq échantillons de référence

Les inversions sont des variants structuraux impliqués notamment dans des maladies génomiques, mais leur détection reste difficile dans les régions riches en répétitions et pour les événements complexes à points de cassure multiples. Les auteurs proposent un benchmark d'inversions simples et complexes sur cinq échantillons de référence, construit à partir de Strand-seq et d'assemblages long-read phasés, avec affinement des points de cassure sur des assemblages résolus par haplotype. Évalués sur données short-read, PacBio HiFi et Oxford Nanopore, les callers retrouvent les inversions simples avec une sensibilité élevée si la couverture est suffisante, alors que les événements complexes et hétérozygotes restent difficiles. Sniffles2 et Severus obtiennent le meilleur rappel pour les inversions complexes, au prix de davantage de faux positifs, et le choix de l'aligneur (Minimap2 ou VACmap) pèse fortement sur la détection dans les régions répétées.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Deux messages utiles pour un laboratoire : une inversion complexe ou hétérozygote reste difficile à détecter quelle que soit la plateforme, et l'aligneur compte autant que le caller dans les régions répétées. Le benchmark repose sur cinq génomes de référence, sans données de patients ni chiffres de sensibilité dans l'abstract : c'est une base pour régler un pipeline long-read, pas une validation diagnostique.

Analyse par Dr Thibaut Benquey