Integrating LNA-qPCR and full-length SMN1 sequencing for precision SMA carrier screening: large-scale validation in 30,849 individuals.

Perte de fonction biallélique de SMN1, le plus souvent par délétion homozygote de l'exon 7, recherchée par mesure du nombre de copies de cet exon.

Cette étude prospective a dépisté le statut de porteur d'amyotrophie spinale chez 30 733 personnes en préconception ou en début de grossesse, sans antécédent familial, réparties sur 14 villes de la province du Hunan (Chine), entre septembre 2020 et septembre 2025. Le nombre de copies de l'exon 7 de SMN1 a été mesuré par PCR quantitative à acides nucléiques verrouillés (LNA-qPCR), avec validation par MLPA sur 2 000 échantillons tirés au sort ; 438 porteurs ont été identifiés, soit une fréquence de 1/69 (1,43 %), allant de 0,80 % à 1,98 % selon les régions. La LNA-qPCR atteint 100 % de sensibilité et 99,85 % de spécificité, et l'analyse des rares faux positifs a révélé deux SNP non décrits jusque-là, c.835-44G>A et c.835-50A>G dans SMN1, qui gênent l'hybridation des amorces et pourraient constituer des facteurs confondants fréquents dans la population chinoise. L'amplification pleine longueur de SMN1 suivie d'un séquençage Sanger, appliquée aux enfants et fœtus suspects issus de 58 couples à haut risque, a permis d'établir l'étiologie génétique de sept patients jusqu'alors non diagnostiqués. Le diagnostic prénatal réalisé pour 50 grossesses à risque a identifié 16 fœtus atteints.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Une fréquence de porteurs de 1/69 et une spécificité de 99,85 % consolident l'argumentaire d'un dépistage préconceptionnel organisé, mais ces chiffres sont ceux d'une seule province chinoise et ne se transposent pas tels quels ailleurs. Le résultat le plus directement utile au laboratoire est l'identification de deux SNP interférant avec les amorces : il rappelle qu'un résultat de nombre de copies limite ou discordant justifie une méthode orthogonale avant d'annoncer un statut de non-porteur. Les 16 fœtus atteints proviennent de grossesses déjà identifiées comme à risque : ce rendement ne mesure pas le bénéfice du dépistage en population générale, et l'étude ne décrit pas le conseil génétique délivré en aval.

Analyse par Dr Thibaut Benquey