Lynch syndrome caused by a pathogenic SINE-VNTR-Alu (SVA) insertion in MSH2 gene identified by long-read DNA sequencing.

Insertion rétrotransposon SINE-VNTR-Alu (SVA) de ~3,2 kb dans l'exon 12 de MSH2

Le syndrome de Lynch résulte de variants germinaux des gènes de réparation des mésappariements (MMR), dont certains variants structuraux complexes échappent au séquençage short-read. Les auteurs rapportent une famille avec tumeurs déficientes en MSH2 chez qui le panel multigène en short-read n'avait trouvé aucun variant. Le séquençage long-read par échantillonnage adaptatif Oxford Nanopore, ciblant 104 gènes de cancer héréditaire, a identifié une insertion SVA de ~3,2 kb dans l'exon 12 de MSH2 chez la proposante et son père. La ségrégation par PCR ciblée a confirmé trois porteurs supplémentaires ; trois des cinq porteurs hétérozygotes étaient atteints de cancer avec au moins une tumeur déficiente en MSH2. L'étude soutient l'intégration du long-read dans les workflows diagnostiques après un test germinal négatif.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Ce cas démontre concrètement la valeur diagnostique du long-read pour capter des insertions mobiles pathogènes indétectables en short-read, une lacune reconnue du diagnostic actuel du syndrome de Lynch. Chez un patient à tumeur MMR-déficiente sans variant germinal identifié, escalader vers le long-read devient une option rationnelle. Le résultat a un impact direct sur la surveillance colorectale et le dépistage cascade familial.

Analyse par Dr Thibaut Benquey