Global population-based prevalence of genetic carriers of CDH1-associated hereditary diffuse gastric cancer

CDH1

Variants perte de fonction de CDH1, gène suppresseur de tumeur

Le cancer gastrique diffus héréditaire est une maladie génétique rare, autosomique dominante, due à des variants perte de fonction du gène suppresseur de tumeur CDH1. Les auteurs ont estimé la fréquence des porteurs par groupe d'ascendance génétique chez 807 162 individus non apparentés de gnomAD v4.1, en retenant d'une part les variants classés pathogènes ou probablement pathogènes dans ClinVar ou ClinGen, d'autre part des variants rares prédits délétères in silico. Sur 3 381 variants de CDH1, 137 remplissaient les critères : 47 classés pathogènes ou probablement pathogènes et 90 prédits délétères. Avec les seuls variants classés, la fréquence des porteurs est de 8,67 pour 100 000, maximale chez les Européens non finlandais (10,0 pour 100 000), sans porteur observé dans les groupes juif ashkénaze, finlandais et moyen-oriental. L'ajout des variants prédits in silico porte l'estimation à 44,1 pour 100 000, avec un maximum dans le groupe moyen-oriental (165,0 pour 100 000).

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

L'écart d'un facteur cinq entre variants classés et variants prédits in silico mesure surtout l'incertitude d'interprétation des variants de CDH1 : sans données cliniques, rien n'indique que les variants prédits délétères confèrent le même risque. L'approche partant du génotype échappe au biais de recrutement clinique, mais gnomAD ne fournit pas de phénotypes et ces fréquences ne renseignent pas la pénétrance. Pour un variant CDH1 découvert fortuitement sur un exome ou un génome, elles rappellent que la classification du variant prime sur sa simple présence.

Analyse par Dr Thibaut Benquey