Pharmacogenomic landscape in Thailand: Array-based profiling and EMR-linked medication exposure

Génotypage par puce SNP d'un panel de 11 gènes pharmacogénétiques, attribution diplotype-phénotype puis croisement avec les expositions médicamenteuses du dossier patient informatisé pour quantifier l'actionnabilité réalisée.

Les données pharmacogénomiques restent limitées en Thaïlande et les enquêtes purement génétiques quantifient rarement l'actionnabilité réalisée, c'est-à-dire le recoupement entre phénotypes actionnables et exposition médicamenteuse réelle. Les auteurs ont profilé 4662 adultes thaïlandais par puce SNP sur un panel prédéfini de 11 gènes et 26 marqueurs, avec une politique d'appel hybride pour l'attribution diplotype-phénotype, puis relié les paires gène-médicament de niveau CPIC A/B aux prescriptions et dispensations du dossier patient informatisé. Le taux de rendu global atteignait 98,62 %, supérieur à 99 % pour la plupart des gènes mais plus faible pour CYP2C19 (95,99 %) et NUDT15 (90,28 %) ; sur les neuf gènes à phénotype codé, 95,99 % des participants portaient au moins un résultat actionnable selon le CPIC (médiane 2, IQR 2-3). La prévalence de phénotypes actionnables parmi les individus interprétables était la plus élevée pour CYP3A5 (58,54 %) et CYP2C19 (56,67 %), devant ABCG2 (45,10 %) et UGT1A1 (27,37 %). Le croisement avec le dossier informatisé a identifié 1529 participants (32,58 %) exposés à au moins un médicament d'intérêt, l'oméprazole (n = 658) et les statines étant les plus fréquents, avec des phénotypes actionnables chez 55,02 % des utilisateurs d'oméprazole pour CYP2C19 et 21,95 à 23,05 % des utilisateurs de statines pour SLCO1B1.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

La notion d'actionnabilité réalisée est ce qu'il faut retenir : dire que 96 % de la population porte un résultat actionnable ne permet pas de dimensionner un programme, alors que savoir qu'un utilisateur d'oméprazole sur deux a un phénotype CYP2C19 actionnable désigne immédiatement par où commencer. La limite est que l'exposition médicamenteuse n'est pas un critère de jugement : rien ici ne montre qu'un rendu de génotype aurait modifié une prescription ou évité un événement. À noter aussi le taux de rendu de 90 % pour NUDT15, insuffisant pour un gène dont l'enjeu, la toxicité hématologique des thiopurines, ne tolère pas les résultats manquants.

Analyse par Dr Thibaut Benquey