Amplicon-based long-read sequencing for accurate CYP2D6 gene deletion and duplication detection using CYP2D7 as a reference gene.

L'homologie entre CYP2D6 et ses pseudogènes CYP2D7 et CYP2D8 rend l'appel des variations de nombre de copies difficile ; l'amplification longue du locus permet de rapporter la profondeur de lecture de CYP2D6 à celle de CYP2D7 et d'en inférer le nombre de copies.

Les auteurs décrivent un séquençage long-read par amplicon (Oxford Nanopore) détectant dans une même réaction les variants nucléotidiques et les variations de nombre de copies de CYP2D6, avec caractérisation simultanée des pseudogènes CYP2D7 et CYP2D8. Le locus entier (environ 30,2 kb) puis les trois gènes homologues séparément (6,3 à 6,6 kb) ont été séquencés. L'analyse a identifié 21 haplotypes uniques de CYP2D7 et 17 de CYP2D8 ; 57 % des variants détectés dans les pseudogènes portaient le nucléotide de référence de CYP2D6, et 36 variants trouvés dans les pseudogènes sont par ailleurs annotés comme fonctionnels dans CYP2D6. La combinaison du rapport de nombre de lectures CYP2D6/CYP2D7 et du rapport de fréquence allélique référence/alternative prédisait correctement le statut de nombre de copies, une approche que les auteurs qualifient de simple et rapide, donc potentiellement transposable en pharmacogénétique clinique.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Prendre un pseudogène voisin comme référence interne est une idée élégante : elle affranchit l'appel du nombre de copies de toute normalisation externe, précisément là où les tests CYP2D6 actuels échouent. Le travail reste toutefois une validation analytique : aucun effectif de patients n'est donné, aucune concordance chiffrée contre une méthode de référence, aucun diplotype rendu en conditions cliniques. Avant de parler d'implémentation, il faudra ces chiffres sur une série de patients, en particulier sur les duplications d'allèles non fonctionnels, qui sont le cas où l'erreur de génotype change la dose.

Analyse par Dr Thibaut Benquey