Phenotypic manifestations and variant reclassification of germline PTEN variants: a nationwide Danish study.

PTEN

Variants germinaux hétérozygotes de PTEN, reclassés selon les critères ACMG spécifiques du gène

Cette étude danoise nationale a rassemblé tous les patients porteurs d'un variant PTEN précédemment classé variant de signification incertaine, probablement pathogène ou pathogène, soit 167 patients issus de 112 familles et 87 variants uniques dont 20 inédits. L'application des critères ACMG spécifiques de PTEN a conduit à reclasser 32 variants (36,8 %) : 60 variants sont finalement probablement pathogènes ou pathogènes (69,0 %), 18 restent de signification incertaine (20,7 %) et 9 deviennent bénins ou probablement bénins (10,3 %). La corrélation génotype-phénotype menée chez 104 patients porteurs d'un variant probablement pathogène ou pathogène retrouve 51 cancers chez 41 patients et un phénotype caractéristique chez 25 % d'entre eux, la macrocéphalie étant présente chez 99 % des patients dont le périmètre crânien était connu. Vingt-trois patients présentaient un retard de développement ou un autisme, avec une prévalence accrue de variants faux-sens dans ce sous-groupe.

Synthèse rédigée par Geno'X. Pour l'abstract original complet, consulter la publication source.

Un tiers des variants reclassés dans une série nationale, c'est le chiffre à retenir : il quantifie le coût de ne pas réévaluer, pour un gène dont le diagnostic engage une surveillance oncologique à vie. Les neuf variants redevenus bénins représentent autant de familles potentiellement sorties d'un protocole lourd, ce qui est cliniquement aussi important que les reclassements vers la pathogénicité. La limite tient à l'ascertainment : la série part des patients déjà testés et retenus, donc la proportion de 25 % de phénotype caractéristique et les 51 cancers reflètent une population adressée en génétique, pas la pénétrance en population générale.

Analyse par Dr Thibaut Benquey